Atombombentests der Franzosen verursachten auf Inseln im Pazifischen Ozean eine Mutation von Echseneiern. Ein japanisches Fischereischiff wird später in dem Gebiet angegriffen und versenkt. Das einzige überlebende Besatzungsmitglied wird vom französischen Geheimdienst verhört, der traumatisierte Seemann bringt jedoch nur ein Wort hervor: Godzilla.
Dr. Nick Tatopoulos, der in der Sperrzone von Tschernobyl durch die Radioaktivität mutierte Regenwürmer untersucht, wird vom US-Militär nach Panama geholt, wo man riesige Fußabdrücke gefunden hat. Kurze Zeit danach werden auch vor der Ostküste der USA zwei Fischkutter von Godzilla versenkt. Wenig später taucht das Monster auf dem New Yorker Fischmarkt auf. Nach einigen Zerstörungen verschwindet es und New York wird evakuiert.
Das Militär tritt nun auf den Plan, kann aber zunächst nur feststellen, dass Godzilla sich mittlerweile im Untergrund verborgen hält. Inspiriert durch die Angriffe auf Fischer empfiehlt Tatopoulos, das Monster durch einen Fischköder anzulocken, um ihm den Garaus zu machen. Doch der erste Versuch misslingt: Da das Militär Godzillas Größe und Kraft unterschätzt, entkommt das Monster und verursacht dabei hohe Verluste unter den Soldaten. Dafür findet Tatopoulos anhand einer Blutprobe heraus, dass die Echse trächtig ist und warnt das Militär. Weil aber seine ehemalige Freundin Audrey, die er nach langer Zeit in New York wiedersieht, eine Videokassette stiehlt, die geheime Militäraufnahmen über Godzilla und seine Spuren zeigt und damit an die Presse geht, wird Nick aus dem Projekt entlassen.
Auf dem Weg zum Flughafen wird er von Philippe Roche, der für den französischen Geheimdienst arbeitet und sich als Taxifahrer ausgibt, entführt. Er bittet Nick Tatopoulos um Hilfe, das Nest zu finden. Während das amerikanische Militär nur auf der Jagd nach Godzilla ist und diesen schließlich scheinbar töten kann, suchen die Franzosen und Tatopoulos, heimlich verfolgt von Audrey und einem Kameramann, das Nest. Sie folgen Godzillas Zerstörungen in der Stadt und finden die Eier schließlich im Madison Square Garden. Der mitgebrachte Sprengstoff reicht jedoch nicht aus um alle Eier sprengen zu können und die Jungen beginnen zu schlüpfen. Die Chance zur Sprengung wird nicht genutzt und man versucht, das Gebäude zu verriegeln und zu verlassen. Mit Hilfe der Übertragungsanlage im Stadion wird das Militär über das Fernsehen informiert. In letzter Sekunde können die Protagonisten das Gebäude verlassen und alle Jungtiere werden durch die Explosion der Raketen getötet. Godzilla hat den Angriff des Militärs allerdings überlebt und findet seine toten Jungen. Er erkennt in den Menschen die Verantwortlichen. Die Echse verfolgt sie quer durch Manhattan und wird auf die Brooklyn Bridge gelockt. Dort verfängt er sich in den Drahtseilen und wird von Kampfjets getötet. Tatopoulus und Audrey finden nun endlich zusammen und da Tatopoulus ihr die Story Exklusiv verspricht, wird auch ihr Traum vom Journalismus endlich wahr. Roche verschwindet indessen ungesehen.
Am Ende stellt sich heraus, dass mindestens eines der Jungtiere überlebt hat.
Der Film basiert auf dem japanischen Filmmonster Godzilla. Der Film startete am 10. September 1998 in den deutschen Kinos.
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