Der Film beginnt im Jahr 1914 in Ägypten, in einem verfallenen Tempel, wo der Archäologe Professor Pacoli, begleitet vom Reporter Billy und einem Priester, Inschriften über das unfassbar Böse findet, das alle 5000 Jahre wiederkehrt und versucht, alles Leben zu zerstören.
Einer der vier Steine, hier im „aktivierten“ Zustand
Das fünfte Element, eine Frau namens Leeloo Minai Lekatariba-Lamina-Tchai Ekbat De Sebat, wird von den Mondoshawan zur Erde gesandt, um zusammen mit den anderen vier Elementen die Erde gegen das unfassbar Böse zu verteidigen. Ihr Raumschiff wird unterwegs von den Mangalores angegriffen und zerstört, doch Leeloo wird mithilfe einiger verbliebener lebender Zellen von den Wissenschaftlern der Erde, die ihr Genom als das des perfekten Menschen bezeichnen, rückgeklont. Zunächst verwirrt und orientierungslos flüchtet sie aus dem Labor und landet im Taxi von Korben Dallas, früher Offizier einer Spezialeinheit. Dieser nimmt sie trotz der sehr widrigen Umstände und der Tatsache, dass Leeloo sich kaum mit ihm verständigen kann, bei sich auf und bringt sie zum Priester Vito Cornelius, der als Nachfolger des ägyptischen Priesters Geheimnisträger und Verbindungsmann zu Leeloo und den Mondoshawan ist. Kaum dass Leeloos Identität offenbart ist, wird Korben kurzerhand wieder vor die Tür gesetzt, und Cornelius und sein Schüler David machen sich daran, Leeloo alles über die Erde beizubringen, als auch von ihr herauszubekommen, wo sich die Steine befinden. Währenddessen zerstreiten sich Zorg und die Mangalores über den Misserfolg der Abfangmission. Die vier Steine waren nicht an Bord gewesen, weil die Mondoshawan den Menschen misstraut hatten und den Transport anders regelten. Zorg und die Mangalores beginnen die Steine unabhängig voneinander zu jagen.
Die Militärs indessen beauftragen Korben als Gewinner eines fingierten Preisausschreibens mit der Mission, sich auf dem Kreuzfahrt-Raumschiff Fhloston Paradise mit einer Sängerin zu treffen, die im Besitz der vier Steine ist. Mittels des „Gewinns“ versuchen auch Cornelius, Zorg und die Mangalores unabhängig voneinander an Bord und somit an die Steine zu kommen, doch schließlich fliegt Korben selbst mit Leeloo zum Schiff und wird der Ehrengast des exzentrischen Showmasters Ruby Rhod. Cornelius gelangt als blinder Passagier ebenfalls auf das Raumschiff. Auch dieses wird von Zorg und den Mangalores (wiederum getrennt) angegriffen. Die Sängerin wird getötet, aber Korben rettet die vier Steine und Leeloo. Zorg muss feststellen, dass er nur einen leeren Koffer statt der Steine erbeutet hat. Er hatte eine Bombe gelegt, um seine Spuren zu beseitigen, und ist nun gezwungen, wieder zum Schiff zurückzukehren und seinen Sprengsatz zu entschärfen. Doch gleich darauf zünden die besiegten Mangalores eine eigene Bombe, welche Zorg und das Schiff vernichtet. Korben, Leeloo, Cornelius und Ruby verlassen derweil das Raumschiff in dem kleinen Raumgleiter von Zorg, während Leeloo beim weiteren Studieren der Erdensprache durch das Wort „Krieg“ und die damit verbundenen Bilder schwer traumatisiert wird.
Das Böse fliegt weiter in Richtung Erde und steht kurz vor der Kollision mit ihr. Korben und seine Begleiter erreichen den ägyptischen Tempel gerade noch rechtzeitig und lösen das Rätsel um die Aktivierung der Steine. Mit diesen wird die Verteidigungswaffe aber noch nicht aktiviert; das fünfte Element – Leeloo – fehlt noch.
Das fünfte Element ist aufgrund seiner hohen Einspielergebnisse von über 260 Millionen US-Dollar einer der bisher kommerziell erfolgreichsten europäischen Filme
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