Der Körper des Astronauten Patrick Ross, Sohn eines einflussreichen Senators, sowie seine beiden Crew-Mitglieder Dennis Gamble und Anne Sampas werden bei einer Marsexpedition von einer fremden Macht befallen.
Ross schläft nach der Rückkehr auf die Erde mit mehreren Frauen, die binnen wenigen Minuten Kinder gebären und dabei sterben. Ross ist sich dessen nicht bewusst, merkt nur, dass mit ihm etwas nicht stimmt. Er erklärt sich seinem Vater, erhält aber keine Hilfe.
Das Blut eines der Astronauten macht sich unterdessen in einem Labor selbständig, formt sich zu einem Alien und tötet Dr. Orinsky, der Seltsames darin gesehen hat und noch eine Warnung absetzen wollte.
Der für die Regierung arbeitende Press Lenox wird mit der Untersuchung des Vorfälle beauftragt. Auf einem geheimen Militärstützpunkt entdeckt er, dass die aus dem ersten Teil bekannte Sil geklont wurde. Eve, eine weibliche Mischform aus Alien und Mensch, ist bereits erwachsen und Gegenstand von medizinischen Untersuchungen, die von Dr. Laura Baker geleitet werden. Eve erfährt eines Tages auf telepathischem Weg, dass ein Artgenosse existiert.
Lennox erfährt von einem ehemaligen Wissenschaftler, der für die NASA gearbeitet hatte und inzwischen in einer Psychiatrie eingewiesen wurde, dass dieser von der Marsmission abgeraten hatte, da er annimmt, dass der Mars einst einer Invasion durch Außerirdische aus den Magellanschen Wolke ausgesetzt war und alle Proben verseucht sein dürften. Unterdessen sterben weitere Frauen, die mit Ross Kontakt hatten.
Auch aus dem Bauch des weiblichen Crew-Mitglieds Anne entspringt ein Alien und töte sie und ihren Mann. Das andere Crew-Mitglied Gamble wird verhaftet und untersucht, ist aber nicht infiziert, weil Schwarze offenbar immun sind und wird wieder frei gelassen. Er sucht Ross auf, der neben seiner toten Freundin aufgewacht war und verstanden hat, dass er für die Toten verantwortlich ist. Ross erschießt sich, doch sein Kopf entsteht aus seinem Hals völlig neu und er wird nun gänzlich zu einem Alien.
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