Dr. Emma Russel, eine Paläontologin, und ihre Tochter Madison befinden sich in einem geheimen Stützpunkt der Organisation Monarch, eine Organisation, die riesige Monster, genannt Titanen, aufspürt und erforscht. Gemeinsam mit dem Personal des in China liegenden Stützpunktes werden beide Zeuge der Geburt Mothras, einer riesigen Motte. Aufgrund eines sicherheitstechnischen Zwischenfalles wird die noch im Larvenstadium befindliche Mothra provoziert, wodurch Emma den von ihr entwickelten ORCA einsetzen muss. Diese technische Apparatur, welche die Bio-Kommunikationssignale von Titanen simuliert, erlaubt es, die Titanen entweder zu beruhigen oder aggressiv zu machen. Als sich die Situation gerade deeskaliert, stürmt ein bewaffneter Söldnertrupp des Öko-Terroristen Alan Jonah den Stützpunkt, entführen Emma und Madison und erschießen das restliche Personal. Mothra flieht und verpuppt sich in einem nahen Wasserfall.
Aufgrund der Entführung von Emma und Madison wenden sich Dr. Serizawa, Dr. Graham und der Rest von Monarch an Emmas Exmann Mark, der als Verhaltensforscher den Prototypen des ORCA entwickelt hat.
Jonah reist mit seinen Söldnern, Emma und Madison in die Antarktis, wo sich ein weiterer Außenposten Monarchs befindet, in dem das sogenannte Monster „Zero“ gefunden wurde. Ihnen gelingt es, das dort stationierte Personal vor dem Absenden eines Hilferufes zu überwältigen, wodurch sie mit einer Explosion das im Eis eingefrorene Monster, welches sich als King Ghidorah herausstellt, befreien können. Kurz darauf trifft Godzilla ein und es kommt zum Kampf zwischen den beiden Titanen. Dabei wird Dr. Graham von Ghidorah getötet. Ghidorah besiegt Godzilla und fliegt davon.
Während Monarch nach Emma, die in Wirklichkeit mit Jonah zusammenarbeitet, sucht, befreit diese in Mexiko den gigantischen Flugsaurier Rodan aus einem Vulkan. Sie will die Titanen befreien, damit diese die Menschheit zurück in die Steinzeit katapultieren und die Erde durch die von ihnen emittierte Strahlung heilen, was in Las Vegas und San Francisco bereits geschehen ist.
Während des zweiten Kampfes zwischen Godzilla und King Ghidorah wird eine neue militärische Waffe eingesetzt, welche jegliches Leben innerhalb eines Radius von zwei Meilen töten soll. Beide Kontrahenten befinden sich unter Wasser, als sie von dieser Waffe getroffen werden. Doch entgegen aller Hoffnung überlebt King Ghidorah die Explosion unversehrt, während die Vitalwerte Godzillas immer schwächer werden. Hierdurch stellt sich heraus, dass King Ghidorah kein gewöhnlicher Titan ist, sondern ein aus dem Weltall stammendes Alien, über das die Menschen der Urgeschichte aus Angst keine Aufzeichnungen hinterließen.
Da nun Godzilla als König der Monster entthront wurde, erweckt King Ghidorah die restlichen Titanen auf der Erde, die unter seiner Herrschaft nun mit der Zerstörung der Menschheit beginnen. In der Gewissheit, dass eine Koexistenz zwischen den Titanen und der Menschheit nur mit Godzilla möglich sein wird, begeben sich Stanton, Mark und Serizawa auf die Suche nach Godzilla. Dabei entdecken sie, dass die Hohlerde-Theorie zutrifft und Godzilla unterirdische Kanäle nutzte, um von einem Ort der Erde zum anderen zu gelangen.
Nachdem Mothra bei der Kontaktaufnahme mit Godzilla beobachtet wurde, folgen die Wissenschaftler dieser Spur und stoßen an Bord eines U-Boots auf eine vor Jahrtausenden versunkene Stadt, in der die Titanen als die „ursprünglichen Götter“ verehrt wurden. In einer unterirdischen Höhle finden sie schließlich Godzilla, der sich an einer radioaktiven Quelle stärkt. Da dieser Prozess jedoch Jahre dauern würde, beschließen die Wissenschaftler, Godzilla mit einem Atomsprengkopf quasi zu „defibrillieren“. Da die Waffensysteme des U-Boots beschädigt wurden, weshalb kein Nukleartorpedo abgeschossen werden kann, bietet sich schließlich Serizawa an, das Himmelfahrtskommando, Godzilla zu stärken, auszuführen. Er übergibt Mark und Stanton sein Notizbuch mit der Bitte, die Informationen über die Titanen mit der Welt zu teilen und bricht mit einem Atomsprengkopf auf. In der Höhle angekommen, schleppt er die Waffe zu Godzilla und aktiviert einen Zeitzünder. Kurz vor dem Ablauf verabschiedet er sich von Godzilla. Die Atomexplosion tötet Serizawa und zerstört die versunkene Stadt, das U-Boot kann rechtzeitig entkommen.
Godzilla, nun wieder im Vollbesitz seiner Kräfte, taucht aus dem Meer auf, beäugt das aufgetauchte U-Boot und macht sich auf den Weg nach Boston, um sich Ghidorah zu stellen. Auf den Rat von Mark hin beschließen die Mitarbeiter von Monarch gemeinsam mit den US-Streitkräften, sich dem Kampf anzuschließen. Es kommt zur finalen Auseinandersetzung der beiden Monster, in die zwischenzeitlich auch Rodan und Mothra eingreifen. Am Ende steht Godzilla in den Trümmern von Boston und brüllt seinen Sieg in die Welt hinaus, während die anderen Titanen sich vor ihm verbeugen.
In den ersten Minuten des Abspanns wird die Fortsetzung Godzilla vs Kong angeteast, in dem immer mehr Berichte über King Kongs Heimat Skull Island auftauchen. In der Post-Credit-Szene wird zudem enthüllt, dass ein einzelner Kopf Ghidorahs den Kampf mit Godzilla überstand und von einem Fischer an einem geheimen Ort dem entkommenen Öko-Terroristen Alan Jonah zum Verkauf angeboten wird. Jonah schlägt zu.
Regie:
sf-actionfilm.de
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